집단지성의 예로서 언급되기도 하는 위키백과이지만 참여자가 많은 영어 위키백과에서 조차도 관리자의 편향적인 태도로 인한 내용 왜곡과 정치적인 이유 등 불순한 목적을 위한 집단들이 참여하여 내용을 편향적으로 만드는 일이 상당수 일어나고 이에 대한 국민들의 무관심으로 편향적인 내용들만 남게 되는 등 문제가 발생하고 있어 위키백과는 "집단지성의 예"로 불릴 수는 있더라도 "집단지성의 '성공적인' 예"로는 불리지 못한다.
위키백과 시스템 자체가 누구나 항목 작성에 공동으로 참여하여 글을 수정할 수 있고, 참여자의 수가 일정 수준에 도달하면 거짓 정보나 불완전한 정보는 다수 참여자의 협동으로 수정되는 시스템을 표방하고 있기 때문이 집단지성이라고 불린다. 하지만 실제로는 특정 목적의 글을 올리려는 참여자 집단이 들어와 유리한 내용만을 작성하고 타 주장들은 완전히 삭제하고 특정 목적의 글을 등록하기 위해 타 사용자들이 포기하거나 무관심해질 때까지 지속적으로 편집 분쟁과 투표를 일으키는데 이것에 대해 관리자들이 막을 방법이 별로 없기 때문에 집단지성 시스템의 성공이라고는 불리지 못하는 것이다. 특히 영어 위키백과보다 참여자가 적고 한국인들의 무관심에 놓여 있는 한국어 위키백과에선 현재도 관리자들의 편향적 태도와 집요하게 내용을 바꾸는 사용자들 때문에 정치적으로 편향되어 있고 내용도 정확하지 않다는 지적을 받는다.
"누구나 쓸 수 있다"는 구호는 정보 격차(digital divide)를 해소할 수 있다는 기대와 사람들의 관심 속에 위키백과의 기여 수를 높였지만, 반대로 정보의 불확실성을 가중시키는 데도 한몫했다[9].
대표적인 사례를 들자면, 영어 위키백과의 케네디 대통령 암살 사건 부분으로 한때 엄청난 파장이 있었다. 그 외에도 영위백 한국전쟁(Korean War) 문서를 참조해보면 지나치게 편향된 서술이 다분하다. 호주의 철학자인 데이비드 차머스는 위키백과 문서의 내용 중 자신의 이론을 잘못 설명한 부분을 수정했다. 그런데 어느 위키러가 틀린 내용으로 재수정을 가하고... 결국 챌머스는 토론방 (18번 문단 참고)에서 (본인인증은 하지 않고) 자신의 이론을 설명했다. 그러자 그 위키러 왈, "위키백과의 정신에 어긋난다. 권위에 의존하지 말라"고 했단다.
그리고 정치적인 기사나 사회적인 기사에는 자신의 개인적인 감정과 사상을 인입하기 위한 노력들이 가해지면서 그러한 논란을 더욱 불거지게 만들었다. 실제로 미얀마에 인권 탄압 관련 소식들이 해외 소식통에 불붙자 아마도 미얀마 정부 배후로 보이는 미얀마 관련 위키의 대대적인 수정이 가해진 건 유명한 사실이다.
그리고 비뚤어진 애국심으로 무장한 인터넷 훌리건들의 침입으로 NPOV를 위반한 문서들이 많은데, 특히 한국어가 가능한 중국인 및 중국혼혈들과 같은 친중파들이 한국 관련 문서에 한국인 비하를 일삼기도 하며 중국을 찬양하고 정치적으로 좌파 성향을 보이는 편집들이 문제되기도 한다. 그 중에 중국의 역사 왜곡 공정이 있는데 중국 역사 왜곡에 대해서 검색하면 나오는 내용이지만 현재 여러 해외 국적의 한국사, 한국학과 교수들과 중국학자들의 연구가 중국 공영 기업 측의 지원으로 연구회가 열리거나 연구비를 지원받는 경우가 늘고 있으며 여러 연구 또한 중국 공기업이 연구비를 내고 있기 때문에 해외 학자들을 이용한 중국의 역사 왜곡도 위험하다는 의견들이 나오고 있다. 예를 들어 중국어의 경우 기존 사천성에서 기원했다는 학설을 중국 공기업이 여러 학자들 특히 영국, 독일, 미국 학자들이 대상이 되는데 이들을 모아서 연구비를 지원하는 학회를 자주 열고 중국이 주장하는 중국어 황화기원설을 연구하게 하여 논문을 작성을 지원하는 등 현재는 중국 역사 공정이 지지받기 위해 영국, 미국 학자의 것들을 출처로 사용하고 있다는 것이다.
위키백과를 편집하는 것에는 아무런 금전적 보수가 존재하지 않기 때문에 어느 집단이나 개인이 원하는 왜곡되고 편향된 글을 쓰고 싶어 하는 이들에게 악용되는 일이 많다. 특히 한국과 중국 역사의 경우 심각하다. 우마오당으로 추정되는 유저들에 의해 영어판 위키백과와 여러 언어판에서 중립적인 시선으로 본 역사 내용은 계속 삭제되며, 중국의 왜곡된 역사관을 퍼트리고 있다. 위키백과 기여에는 앞서 언급한 이유 때문에 전문가들의 기여가 점점 적어지고 있으며, 존재하던 전문가의 중립적인 의견도 금방 역사왜곡을 지지하는 집단에 의해 삭제되고 있다. 그리고 한국 역사와 문화 관련 문서는 한국인과 타국인의 관심과 기여도가 매우 저조한 문제점도 있다. 한 마디로 말하자면 중국의 역사왜곡에 무방비 상태로 노출되어 있는 셈이다. 이것은 영어판 위키백과만이 아니라 한국, 일본, 유럽 등 여러 언어판에서도 지속적으로 보이는 현상이다. 또한 학설이란 학자들이 1차사료를 연구하고 고고학적 연구를 더해 논하는 것이다. 위키백과는 1차사료를 출처로 한 내용을 쓰지 못하지만 무관심 상태의 한국, 중국 역사와 문화 관련 문서에서는 이런 문제가 방치되어 있는 경우가 많다. 1차사료 출처가 사용 가능한 나무위키에선 비전문가들이 사서만능주의만 고집하고 중국인 한족 관점에서만 쓰여진 사서의 내용만 주구장창 이야기하는 경향이 있다. 하지만 이것도 백제-요하 경락설등 중국 한족에 불리한 내용은 수용하지 않고 일본서기 또한 수용하지 않는다. 중국 한족이 쓴 사서 또한 한족 왕조의 과대 찬양적인 부분은 무시하고 중국 사서의 관점을 지지하는 학자는 인용되고 그 반대 의구심을 가지거나 고고학적으로 논하는 학자들은 사학과 출신이라 해도 비전문가들에 의해 유사사학으로 몰린다.
특히 영어판 위키백과가 심한데, 영어권 국가에 살고 있는 중국계 사용자 인구가 한국계, 일본계보다 많은 것도 있고 여러 사회적 이유가 존재한다. 영어를 쓰는 중국계의 경우 동양인의 차별 등 집에 있는 시간이 늘어나고, 어릴 때부터 배워온 왜곡된 역사 왜곡과 다른 국가에 비교하여 중국계 커뮤니티에서 강요되는 비뚤어진 애국심, 그리고 오히려 타국이 중국 역사를 왜곡을 한다고 착각하여 중국 역사 왜곡 학자의 의견을 비판없이 그대로 옮겨 적고 있다. 그것을 그대로 번역해서 옮기는 한국어 위키백과 또한 역사 왜곡이 심각하다. 한국과 일본인보다 영어권 국가와 유럽 등에 사는 중국인 숫자가 매우 많고 베이징, 상하이 등에 사는 중국인들이 영어를 배우는 속도가 문법의 차이로 인해 한국, 일본보다 빠르기 때문이다. 중국계 유저들은 중화인민공화국의 역사왜곡 사학자들의 출처를 가져오며 중국의 영토를 확장시키거나 역사왜곡을 하고 있는데 대만, 홍콩 사람들은 서북공정, 서남공정 등과 같은 역사왜곡 공정에 별로 관심이 없다. 이들은 개인적으로 지도까지 만들어 올리기 때문에 날이 지날수록 지도에 나타나는 옛 중국 왕조 영토는 늘어만 간다.
영어 위키백과의 경우 대다수의 문서가 출처만 명확하면 학자의 성향이 문제가 되지 않으며, 중국 사학자의 역사왜곡 성향 도서를 인용한 내용을 책을 직접 구입하지 않는 이상 사실상 진위를 확인하기 힘들기 때문에 이를 막기도 힘들다. 또한 역사 문서들에서 상주하는 중국계 유저들이 숫자가 많아 내용 등재에 있어 역사 왜곡의 내용이든 아니든 찬성표가 많으면 등재되기 때문에 역사왜곡을 막는 것이 사실상 불가능에 가깝다. 중국 출신 관리자들 또한 존재하기 때문에 이것을 막는 장치 또한 부족하며, 후술할 2021년 <홍콩 프리 프레스>의 보도에 따르면 중국인 관리자들의 배출을 위해 관리자 선거에도 유세를 펼치기도 했다고 한다. 역사평론가 이소다 미치후미(磯田道史)는 저서에서 중국계의 위키백과 왜곡에 대해 이렇게 평했다. 중국 한족들은 수백년간 중국 한족들을 통치한 만주족의 청나라에 콤플렉스를 가지고 있다. 중국 한족들의 절대적이고 감히 넘볼 수 없는 지배자이며 경외의 대상이였던 만주족이 대대적으로 편찬한 만주원류고에서 자신들의 조상을 한국인이라고 여기며 이것을 자랑스럽게 세상에 널리 알린 것에 대해 중국 한족들은 콤플렉스를 느끼는 것이다. 그래서 지금까지 수백년간 당연시 여겨왔던 정보에 저항하며 만주족과 고구려인 등 기마민족들과 한국인을 완전히 별개의 민족으로 만드는 조작들이 계속되어 왔다. 이것에 더 나아가서 위키백과에서 알타이제어를 인정하지 않는 학자들의 주장만 부곽시켜 언어적의 연관성도 차단하였다. 또한 거짓 출처를 내세우면서 당시 한국인과 서로 가장 가까운 위치에서 기원한 동북방의 이(異)민족들과 한국인의 연관성을 부정하는데 중국인들은 많은 노력을 기울이고 있다. 중국인에게 절대적인 위치에 있었던 지배자이자 애증의 대상인 만주족이 한국인과 같다면 한국인도 중국인들의 지배자가 된다는 논리를 내세우며 중국인들은 그 논리에 콤플렉스로 느끼고 있는 것이다.
위와 같이 글들을 기여하는데 전혀 수익이나 이득이 없기 때문에 그저 국가의 자존심 세우기 또는 국가의 치욕스러운 점을 지우려는 목적으로 활동하는 자들도 많다. 특히 중국계의 경우 영어 위키백과 사이트에서 중국 관련 문서에서 키보드 워리어질은 기본이며 중국 여성들의 성매매 관련된 내용 예를 들어 '중국 여성의 해외 성매매 공급은 세계 1위이다' 라는 내용을 BBC 등 온갖 저명한 출처들을 인용해도 삭제되는 등 중국의 치욕적인 것들은 무조건 축소시키며 삭제해간다. 또한 한국 관련되어 중국에 자존심이 상하는 내용이 붙으면 바로 보복식으로 혐한적 내용이 한국 문서에 붙는 등 국가간 자존심 싸움이 심심치 않게 일어난다. 정상적인 활동은 하는 유저들이 중국 비판 글을 복구하려고 해도 중국계들은 중국의 치욕적인 내용은 빠르게 삭제해가고 있어서 불가능하며 사실상 중국계 등 어느 특정 국가 출신의 그룹에 의한 삭제와 날조로 영어 위키백과에서 오히려 표현의 자유가 지켜지지 못하고 있는 실정이다.
한국에 관련된 문서에서 혐한들이 영어 위키에 중립적이지 않은 논조의 서술을 하는 경우도 종종 보인다. 하지만 문서의 편집이 개개인의 이득과는 관련이 없어 한국인이나 한국계의 활동이 매우 적어 그 중립적이지 않는 서술들은 사라지지 않고 있다. 영어 위키의 경우는 다른 위키백과의 번역 소스를 제공하는 경우가 많아서 개개 국가의 언어에 비해서 파급력이 훨씬 크다. 영어 위키에서의 중국계 활동으로 인해 중국 문서의 경우 비판 글은 올리기 힘들거나 올려져도 시간이 지나면 대부분 삭제되기도 한다. 즉 어느 특정 국가의 자랑거리 선전 문서들로 채워져 가는 경우가 많다. 일본 또한 중국, 대만 혼혈아가 늘어나 마치 같은 인물들이 편집을 하듯 일본 관련 위키백과에서도 비슷한 편집들이 일어나고 있다. 중국 역사에 집착하며 중국 국가들에 반복적으로 최강국이라고 붙이거나 중화제국이라는 개인적 의견을 붙이고 일본인의 조상은 중국인이라는 등 중국에 불리한 점은 전부 제거, 한국에 관련된 것은 모두 배제시키며 조금씩 내용을 왜곡하는 똑같은 일이 일어나고 있다.
일본 혐한 넷우익들 또한 이러한 중국인들과 가세하여 한국 관련 문서에서만 유독 부정적인 서술을 추가해 놓는 등 편향적인 행위를 벌이고 있다. 가령 한국의 육회와 비슷하게 날고기를 먹는 음식이 외국에도 몇몇 나라에 있는데 육회 문서에만 식중독 뉴스기사 내용을 첨부해 놓거나, 다른 나라 문화에 대한 문서에서는 해당 문화의 유래와 역사 위주의 중립적인 내용이 적혀있는 반면 한국 문화 문서에서는 해석하기에 따라서 주관적이라고 느낄 수도 있는 비판 항목을 추가해 놓거나 하는 식이다. 심지어 다른 나라의 자국 비하 표현과 관련한 문서는 거의 찾아볼 수 없는 반면 헬조선 처럼 한국의 자국 비하 표현은 독립적인 별개 문서까지 상세하게 만들어져 있다.
이러한 국가마다 내용이 편향되어 있는 것 자체는 적대관계에 있는 외국, 특히 이웃나라에 각 언어별 위키백과가 있다면 더 심한데, 폴란드와 리투아니아 위키백과 같은 경우 역사적 사건 한 건에 대해 전혀 다른 논조의 기사인 경우가 있다고 한다. 특히 사실상 한 국가에서만 사용되는 언어의 위키백과에서 이런 현상들이 비교적 많이 나타난다.
2021년 7월 <홍콩 프리 프레스> 보도에 따르면 2019년 송환법 반대 시위 이래 홍콩과 관련된 정치 사건사고 문서 편집을 두고 홍콩인 이용자들과 중국 본토 이용자들 사이에 편집 갈등이 빈번히 일어났다고 전했다. 중국 본토 이용자들은 자기 나라의 관영 매체를 출처로 삼으라고 강요해왔고, QQ 등지의 몇몇 사설 대화방에서는 홍콩인 이용자들을 홍콩 경무처 산하 국가안전처에 신고할 것을 논의하기도 했는데 이는 1달여 전 <빈과일보> 폐간 사태 뒤부터 더 심해졌다. 이렇게 되자 홍콩인 이용자들은 신변 위협을 느껴 위키미디어 재단의 '신뢰와 안전 팀'에 도움을 청했다. 이에 재단 측은 보안 위험 대응전략으로 중국 등 위백 접속이 차단된 2개 관할 구역에 개인정보 접근 차단조치를 내렸고, 9월 17일에는 중국인 유저들의 비공인 단체 '중국의 위키미디언(WMC)'에 대한 장기간의 심층 조사를 거쳐 중국 본토 단체와 연계된 이용자 7명을 차단시켰고, 나머지 중국인 이용자 12명의 관리자 권한도 회수했다. 이에 WMC 측은 근거가 없다며 적반하장식으로 재단을 비난했다.(연합뉴스 기사)